L'identification des sites Natura 2000 relève de l'État membre et de la Commission européenne.
Pour les ZSC, un inventaire à l'échelle nationale a été effectué par des experts, sous l’autorité du Muséum National d’Histoire Naturelle pour la France, sur la base de critères scientifiques communs à l’ensemble des États concernés. Cette démarche a conduit à établir la liste et la délimitation des sites susceptibles de répondre aux objectifs de la directive habitats. S'en est suivi un processus de consultation locale puis d'examen à l'écelle européenne ayant conduit ensuite à la désignation formelle de ces zones par chaque état membre. En France, la désignation est établie par un arrêté ministériel dont copie est adressée à la Commission européenne.
Pour les ZPS, la procédure est plus simple car elle relève de la seule responsabilité de l'État membre. En France, l’inventaire des Zones importantes pour la conservation des oiseaux (ZICO) a permis d’identifier les espaces naturels les plus favorables aux espèces mentionnées par la directive. La procédure est ensuite identique à celle décrite précédemment : consultation locale, transmission par le Préfet au ministère chargé de l’environnement, désignation par arrêté ministériel, évaluation de l’état de conservation.
Un site naturel, en fonction de ses caractéristiques, relève d’une seule directive ou des deux. Dans ce dernier cas, il fait l’objet d’une désignation en ZSC et d’une désignation en ZPS selon des périmètres pas forcément identiques et dont les procédures peuvent être conjointes ou séparées dans le temps.
Source : Ministère de la Transition Écologique et Solidaire
